Im Zaubereiministerium werden verschiedene Abteilungen verwaltet, die für unterschiedliche Aufgaben zuständig sind. Zu den bekanntesten Abteilungen gehören:
Gebäude
Zaubereiministeriumszentrale
2. Obergeschoss
Abteilung für Magische Strafverfolgung
Aurorenzentrale
Magische Strafverfolgungspatrouille
Zaubergamotverwaltungsdienst sowie die Büros der Richter, Vorsitzender sowie Mitglieder im Gamot
Büro gegen den Missbrauch der Magie
Büro gegen den Missbrauch von Muggelartefakten
Büro zur Ermittlung und Beschlagnahme gefälschter Verteidigungszauber.
3. Obergeschoss
Abteilung für Magische Unfälle und Katastrophen
Magisches Unfallumkehrkommando
Vergissmich-Zentrale
Komitee für muggelgerechte Entschuldigungen
4. Obergeschoss
Abteilung zur Führung und Aufsicht Magischer Geschöpfe
Tierwesenbehörde
Veterinärzauberer
Seuchenberatungsbüro
Ausschuss für die Beseitigung gefährlicher Geschöpfe
Werwolf-Register
Werwolf-Fangkommando
Ghul-Beseitigungseinheit
Zauberwesenbehörde
Amt für die Neuzuteilung von Hauselfen
Koboldverbindungsbüro
Werwolf-Unterstützungsamt
Zentauren-Verbindungsbüro
Geisterbehörde
5. Obergeschoss
Abteilung für Internationale Magische Zusammenarbeit
Internationaler magischer Handelsstandardausschuss
Internationales Büro für magisches Recht
Kontaktbüro der internationalen Zauberervereinigung
6. Obergeschoss
Abteilung für Magisches Transportwesen
Flohnetzwerkaufsicht
Besenregulationskontrollamt
Portschlüsselbüro
Apparierzentrum
7. Obergeschoss
Abteilung für Magische Spiele und Sportarten
Zentrale der Britischen und Irischen Quidditchliga
Offizieller Koboldstein-Klub
Büro für lächerliche Patente
8. Obergeschoss
Atrium
Empfang/Auskunft
Sicherheitsbeauftragter
9. Obergeschoss
Mysteriumsabteilung